エスカレーターを降りた最初のコーナーで、アカシュモクザメやマイワシの群れ、ウシバナトビエイなどが来園者を出迎えます。※展示改修工事のため、1月13日から５月頃まで「大洋の航海者 サメ」水槽を閉鎖します。

　ドーナツ型の大水槽の内側を、アクアシアターと呼んでいます。ここでは、2,200トンの水槽を群泳する迫力あるマグロ類を間近で観察することができます。

　太平洋、インド洋、大西洋、北極海、南極海など。熱帯のサンゴ礁から極寒の極地の海や深海まで、このコーナーでは世界中から集められた珍しい生き物に出会えます。

　フンボルトペンギン、ミナミイワトビペンギン、フェアリーペンギン、オウサマペンギンが飼育されている国内最大級のペンギン展示施設です。ペンギンの動きを、陸上と水中どちらからも観察できます。夏の暑さ対策や繁殖への取り組みのため、ミナミイワトビペンギンとオウサマペンギンは展示中止となる時期があります（展示中止と再開はニュースページでお知らせします）。

　世界最大の海藻ジャイアントケルプと、カリフォルニアの海にくらす生き物たちを展示しています。波に漂う海藻の動きをゆっくり観察することができます。

　小笠原から伊豆七島、そして東京湾の外湾部から内湾部まで、さまざまな環境を展示しています。2階のキャットウォークでは干潟にくらす小さな生き物や水槽上部の作業風景を見ることができます。

　海鳥は、海を生活の重要な場所としている鳥たちです。エトピリカやウミガラスが水中を飛ぶように泳ぐ姿を、間近で見ることができます。繁殖時期になると冬羽から鮮やかな色や模様の夏羽に生え換わります。

　自然が豊かだったころの東京周辺の水辺が再現されています。田んぼや池沼、ため池、渓流など、さまざまな水辺環境で見られる魚類、カエルやイモリなどの両生類などが展示され、オニバスなどの水草も観察できます。「水辺の鳥」コーナーでは、タンチョウやコウノトリが水辺でえさをとるようすが見られます。