Ikan medaka yang paling Anda kenal mungkin adalah medaka berbadan oranye. Sebenarnya, medaka oranye yang dijual di toko hewan peliharaan disebut "himedaka" dan telah dibiakkan oleh manusia untuk tujuan hias, dan tidak ada di alam liar. Medaka alami memiliki warna kehitaman yang membuatnya sulit terlihat di sungai.

Alasan hilangnya ikan medaka bukan hanya karena penurunan habitat, tetapi juga masalah pelepasan kembali ke habitat aslinya. Ketika sebuah akuarium memeriksa gen (DNA) dari sedikit ikan medaka yang tersisa di sungai dan kolam Tokyo, ditemukan bahwa sebagian besar mengandung campuran DNA dari ikan medaka dan Himedaka dari daerah yang seharusnya tidak dihuni oleh mereka. Hal ini dapat dikaitkan dengan tindakan manusia yang melepaskan ikan Himedaka dan medaka dari daerah lain yang dipelihara di rumah dan di sekolah. Penting untuk tidak melepaskan mereka ke tempat lain dengan sembarangan, dan selalu memelihara hewan peliharaan secara bertanggung jawab hingga akhir hayat.