ในตู้ "ระบบนิเวศของเพนกวิน" มีจุดที่คุณสามารถลงบันไดไปสังเกตเพนกวินจากใต้น้ำได้ ลองดูท้องของเพนกวินฮัมโบลต์ที่ลอยอยู่บนผิวน้ำและวิธีที่พวกมันว่ายน้ำโดยใช้ปีก (ครีบ) บนบก พวกมันดูค่อนข้างอ้วน แต่เมื่อพวกมันอยู่ในท่าว่ายน้ำ คุณจะเห็นว่าลำตัวของพวกมันเพรียวบาง ทำให้พวกมันเหมาะกับการเคลื่อนที่ในน้ำเป็นอย่างดี

ตู้ "ระบบนิเวศเพนกวิน" มีพื้นที่ขนาดใหญ่เป็นโขดหินขรุขระบนบก ซึ่งจำลองถิ่นที่อยู่ของเพนกวินฮัมโบลต์ ในถิ่นที่อยู่จริงของพวกมัน มีชั้นดินอ่อนที่เรียกว่า "กัวโน" ซึ่งประกอบด้วยมูลที่สะสมของเพนกวินฮัมโบลต์และนกทะเลชนิดอื่นๆ ในช่วงฤดูผสมพันธุ์ พวกมันจะขุดหลุมในกัวโนนี้เพื่อสร้างรัง เนื่องจากกัวโนเป็นปุ๋ยชั้นดี มนุษย์จึงขุดมันอย่างแพร่หลาย ซึ่งในอดีตส่งผลให้พื้นที่ผสมพันธุ์ของพวกมันลดลง

การแบ่งสีลำตัวซึ่งมีสีเข้มที่หลังและสีอ่อนที่ท้องเรียกว่าการพรางสีแบบไล่เฉด (countershading) ซึ่งเชื่อกันว่าทำให้ผู้ล่าที่เข้ามาจากด้านบนหรือด้านล่างมองเห็นสัตว์ได้ยาก รูปแบบนี้พบได้ทั่วไปในสัตว์ทะเลหลายชนิด ดังนั้นลองมองหารูปแบบนี้ในสัตว์ชนิดอื่นด้วย ในนกเพนกวิน การศึกษาบางชิ้นชี้ให้เห็นว่ารูปแบบขาวดำนี้มีผลในการทำให้ฝูงปลาซึ่งเป็นเหยื่อของพวกมันสับสน