ปลาเมดากะที่คุณคุ้นเคยมากที่สุดอาจเป็นปลาเมดากะลำตัวสีส้ม อันที่จริง ปลาเมดากะสีส้มที่ขายในร้านขายสัตว์เลี้ยงเรียกว่า "ฮิเมดากะ" ซึ่งมนุษย์เพาะพันธุ์ขึ้นเพื่อจุดประสงค์ในการประดับตกแต่ง และไม่มีอยู่ตามธรรมชาติ ปลาเมดากะตามธรรมชาติมีสีดำอมเทา ทำให้ยากที่จะสังเกตเห็นในแม่น้ำ

สาเหตุของการหายไปของปลาเมดากะไม่ได้มีเพียงแค่การลดลงของแหล่งที่อยู่อาศัยเท่านั้น แต่ยังรวมถึงปัญหาการปล่อยปลาลงสู่แหล่งน้ำด้วย เมื่อพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำแห่งหนึ่งตรวจสอบยีน (ดีเอ็นเอ) ของปลาเมดากะจำนวนน้อยที่เหลืออยู่ในแม่น้ำและบ่อในโตเกียว พบว่าส่วนใหญ่มีดีเอ็นเอผสมจากปลาเมดากะและปลาฮิเมดากะจากพื้นที่ที่ไม่ควรมีพวกมันอยู่ ซึ่งอาจเป็นเพราะมนุษย์เราปล่อยปลาฮิเมดากะและปลาเมดากะจากพื้นที่อื่น ๆ ที่เลี้ยงไว้ที่บ้านและโรงเรียน การปล่อยปลาลงสู่แหล่งน้ำอย่างไม่ระมัดระวังจึงเป็นสิ่งสำคัญ และควรดูแลสัตว์เลี้ยงอย่างรับผิดชอบจนถึงที่สุด