最近の研究の結果、日本にすむ野生のメダカには、2種いることがわかりました。おもに青森県から兵庫県にかけての日本海側に分布している「キタノメダカ」と、東京をふくむ東北地方の太平洋側から南日本、沖縄までに広く分布している「ミナミメダカ」です。すがたはよく似ていますが、体のあみ目もようやオスのせびれの切れこみなどに、ちがいがあります。
　さらに、DNA（遺伝子）をくわしく調べた研究により、キタノメダカとミナミメダカの中にも地域によってちがいがあり、いくつものグループに分けられることがわかっています。長い時間をかけて、その地域ごとの環境に適応してくらしてきた特徴がDNAに刻まれているのです。